Python für Biologen

Zusammenfassung

Der Kurs Python für Biologen ist die Weiterentwicklung des Kurses Python für Wissenschaftler und Ingenieure , der speziell auf Biologen zugeschnitten ist und Bibliotheken wie Biopython enthält.

Biologen benötigen Programmierkenntnisse in Python, um ihre Daten zu analysieren, haben aber während ihres Bachelor- und Masterstudiums kaum eine Programmierausbildung erhalten. Daher hat dieser Kurs vier Ziele und lehrt

  1. eine grundlegende Einführung in Python und die Programmierung im Allgemeinen
  2. wissenschaftliche Daten zu analysieren, zu interpretieren und zu visualisieren, um publikationsreife Diagramme zu erstellen
  3. gute Programmierpraxis, Versionskontrolle mit GIT und virtuellen Umgebungen
  4. Spezialisierung auf Biopython (DNA-Analyse), Bildanalyse, oder mehr (siehe unten)

Es gibt verschiedene Spezialisierungsmodule, aus denen die Teilnehmer wählen können, da Biologen – auch wenn sie in der gleichen Arbeitsgruppe arbeiten – je nach ihrem Forschungsthema unterschiedliche Spezialisierungen benötigen.

Zielgruppen

Der Kurs eignet sich für Personen mit Vorkenntnissen in anderen Programmiersprachen und für Personen, die bereits Erfahrung mit Python haben und ihre Kenntnisse verbessern möchten. Viele der bisherigen Teilnehmer waren Autodidakten und schätzten die strukturierte Einführung in Python.

Der Kurs ist auch für absolute Anfänger in der Programmierung geeignet, allerdings sollten Anfänger zusätzliche Zeit zwischen den Tutorials einplanen, um die Grundlagen aus den zusätzlichen Ressourcen zu lernen.

Struktur des Kurses

Der Kurs wird in englischer Sprache abgehalten und besteht derzeit aus 6 Modulen. Er kann als On-Demand-Kurs oder als Blended-Learning-Kurs belegt werden. Die On-Demand-Module enthalten jeweils

  • einen 60-90-minütigen Videovortrag, den sich die Teilnehmer ansehen können, wann es ihnen passt
  • Übungen, in denen die Teilnehmer das Gelernte anwenden können
Die Blended-Learning-Module enthalten jeweils zusätzlich ein Live-Zoom-Tutorial zur Beantwortung von Fragen (90-120min).
Die Teilnehmer sollten 6 Stunden pro Modul oder insgesamt 36 Stunden einplanen.

Inhalt

Einrichtung

  1. Einführung, Jupyter, Virtuelle Umgebungen, Notebook-Erweiterungen, Python-Grundlagen

Grundlagen

  1. Syntax, PEP8, Tastaturkürzel, Einführung in Numpy und Matplotlib

  2. Fortgeschrittenes Numpy, Pandas, Dateieingabe und -ausgabe, ChatGPT

  3. Fortgeschrittene Matplotlib, Inset Plots, Contour Plots, Interaktive Plots

  4. GIT, String-Formatierung, Videoerstellung, Notebook-Struktur

Spezialisierungs

  1. Interpolation, Anpassung, Komplexe Anpassung, Filterung, Beispiel für Datenanalyse

  2. Dateierstellung, Generatoren, Parallelisierung, Sympy, Integration von Plots in Overleaf

  3. Biopython, DNA-Sequenzierung, BLAST, Visualisierung von DNA

  4. Bildanalyse und -verarbeitung (Scikit Image)

FAQ (Häufig gestellte Fragen)

Vorkenntnisse sind nicht erforderlich, aber von Vorteil. Wenn Sie etwas mehr Zeit einplanen, können Sie mit dem Python für Biologen Kurs von null auf ein Niveau kommen bei dem Sie sicher im Umgang mit Daten werden.

Die Vorlesungsvideos dauern etwa 1 Stunde pro Modul und werden normalerweise zweimal angesehen. Planen Sie 2-4 zusätzliche Stunden für Übungen ein, und 2 weitere, wenn Sie sich für Blended Learning entscheiden. Insgesamt: 5-8 Stunden pro Modul.

Ja, in den Tutorien behandeln wir zunächst die Lösungen der Vorlesung und der Übung. Dann bleibt in der Regel noch Zeit, um sich mit Themen zu beschäftigen, die über den Inhalt des Moduls hinausgehen. Dazu gehören oft Diskussionen über die Programmierprojekte der Teilnehmer.

Die aktive Teilnahme an den Übungen und die Präsentation von Übungslösungen qualifiziert Sie für ein Zertifikat nach Abschluss des Kurses.

Wenn Sie den On-Demand-Kurs zum Selbststudium nutzen und trotzdem ein Zertifikat erhalten möchten, können Sie einen 1:1-Zoom-Anruf buchen, um zu testen, ob Sie die Konzepte des Kurses tatsächlich verstanden haben. Wenn Sie bestehen, erhalten Sie das Zertifikat.

Kontaktieren Sie uns, wenn Sie interessiert sind.

Überblick über die Kurse

Modul / KursPython für WissenschaftlerPython für BiologenPython-Grundlagen
Einführung, Virtuelle Umgebungen, Jupyter, Notebook-Erweiterungen, Grundlagen von Python+++
Syntax, PEP8, Tastaturkürzel, erste Beispiele in Numpy und Matplotlib+++
Fortgeschrittenes Numpy, File IO, Pandas, ChatGPT+++
Fortgeschrittene Matplotlib, Plot-Optionen, Inset Plots, Contour Plots, Interaktive Plots+++
GIT, String-Formatierung, Videoerstellung, Notebook-Struktur++
Interpolation, Anpassung, Komplexe Anpassung, Filterung, Datenanalyse Beispiel+*
Erstellen von Dateien, Generatoren, Parallelisierung, Sympy, Integration von Plots in Overleaf+*
Biopython, DNA-Sequenzierung, BLAST, Visualisierung von DNA*
Bildanalyse und -verarbeitung, Scikit Image*
+ bedeutet, dass die Themen sowohl in der Vorlesung als auch in den Tutorien behandelt werden
* bedeutet, dass die Teilnehmer Zugang zu den Vorlesungsunterlagen haben, wir aber 1 oder 2 Themen auswählen, die wir in den Tutorien diskutieren

On-Demand Kurse

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Kommende Live-Kurse

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Kontakt

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contact@Training-Scientists.de

+49 15678 448154

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